Q1：肿瘤基因检测，对于新鲜组织、石蜡切片、胸腹水、外周血样本类型应该如何选择呢？

A：毋庸置疑，组织应该是金标准，有组织的情况下，肯定组织优先。按照检出率的话，新鲜组织>石蜡切片>胸腹水细胞>外周血。不过做肿瘤基因检测的话，最主要的还是要考虑临床取样的便捷性！

 

Q2：无法取到组织的时候，什么情况下才适合用外周血进行基因检测呢？

A：无法取得组织的话，最好是临床处于中晚期（临床III期后）的患者才适合用外周血进行基因检测。同时，外周血ctDNA检测最好是在没有经过任何治疗之前进行采血检测，放化疗和靶向治疗均会对外周血ctDNA检测结果产生影响。

 

Q3：做肿瘤基因检测的话，是不是panel越大越好呢？

A：每种肿瘤基因检测产品（大中小panel）都有自己的优势，在真正选择产品的时候建议大家根据经济条件及患者的情况来选择。比如刚确诊的时候，可以选择几个/几十个基因的panel来进行检测。但是如果晚期多处转移的时候，尤其是耐药的患者，基因突变比较复杂紊乱，可以选择更大的基因panel去检测。如果需要进行免疫治疗，想检查TMB，MSI及MMR的情况，也可以选择大panel进行检测，总之一句话，根据具体的情况来吧，比如肿瘤的类型，检测的目的及意义，经济压力，消费能力等。

 

A：测序覆盖度指测序获得的序列占整个 panel 基因组 size 比例。由于 Panel 基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域，这部分没有获得的区域就称为Gap。比如一个肿瘤panel测序，覆盖度是99%的话，那么还有1%的序列区域是没有通过测序获得的，Gap就是1%。

测序深度指测序得到的总碱基数/待测基因组大小，它是评价测序量的指标之一。假设一个 panel 的 size 为 2.0M，测序深度为 500X，那么获得的总数据量为 1.0G。它的测序深度=总数据量 1.0G/panel 大小 2.0M=500X）。

有效测序深度：不等同于测序深度，是指可信的去除重复序列（dup）后目标区域的平均深度。比如 2.0M 的 Panel Size，下机数据量1.0G，有50%数据落在目标区域（on target），50%为重复序列，那么其测序深度为500X （1.0G/2.0M）,有效深度仅为125X（1G*50%*50%/2.0M）。

灵敏度( sensitivity) ：指患者中试验阳性者所占比例。对应假阴性率。计算公式：灵敏度( Sen) = a/( a+c)% 。

特异度( specificity) ：指没有患病的人中试验阴性者所占比例。对应假阳性率。计算公式：特异度( Spe) = d/( b+d)% 。

检出限（LOD）：Limit of detection，是指样品中分析物可被检出的最低的含量，此项指标体现了试剂检测的分析灵敏度。

 

诊断试验 （新方法）	金标准或参比方法		合计
	有病或阳（n）	无病或阴（n）
阳性	a(真阳性)	b(假阳性)	a+b
阴性	c(假阴性)	d(真阴性)	c+d
合计	a+c	b+d	a+b+c+d

 

 

Q5：提高测序深度会不会提高检出限（LOD）？

A：提高测序深度可以增加检测灵敏度、特异性，同时提高检出限，但不能突破极限检出限。在DNA量一定的情况下，满足一定量测序深度后，检出限存在理论极限值，单纯通过增加测序深度并不能降低检出限，盲目加大测序深度只会产生更多的重复（duplication），造成数据浪费，所以测序深度并非越深越好。比如 ctDNA上样量为 33ng（10000拷贝），文库构建转化率50%，就是5000个拷贝，测序深度增加再深，理论上最多也只能测出5000个拷贝，LOD也不可能达到万分之一的。

 

Q6：是不是所有的靶向药在用药前都需要做肿瘤基因检测？

A：不是的，这个之前也说过很多次。目前有接近一半的的靶向药，比如CDK4/6靶点的靶向药，索拉非尼、瑞戈非尼、卡博替尼等多靶点的抗血管生成靶向药物，使用前无需做基因检测。大家也可以去翻阅 2018年9月21日，国家卫健委（原国家卫计委）发布的《新型抗肿瘤药物临床应用指导远侧（2018年版）》。不过，对于有明确疗效/耐药靶点的药物，须遵循基因检测后才可使用！不得在未做相关基因检测的情况下盲目用药哦！

 

Q7：肿瘤基因检测何时采样？

A：化疗是对所有细胞产生影响，我们建议大家在化疗后至少3天，一般5-7天来采集血液，或者在下一次化疗前3天左右采样。否则释放到血液中的肿瘤DNA少了，可能会导致假阴性的结果。取穿刺样本也是一个道理。靶向药的话由于间隔时间比较短，不做特殊规定，但是也请大家尽量在下一次即将吃靶向药前来采血。

 

Q8：使用免疫检查点抑制剂，如PD-1、PD-L1，为何也要做基因检测呢？

A：TMB（肿瘤突变负荷）高的肿瘤患者，使用免疫检查点抑制剂获益更高，更适合使用免疫检查点抑制剂进行治疗。携带PBRM1、POLE基因突变的患者，使用免疫检查点抑制剂，获益更高。携带JAK1、JAK2、BM2、HLA、STK11等基因突变的肿瘤患者，可能对免疫检查点抑制剂耐药，所以要提前检测一下。携带EGFR突变、MDM2扩增的肿瘤患者，使用免疫检查点抑制剂，可能使肿瘤发生进展。因此，在选择免疫检查点抑制剂治疗之前，做基因检测，很有意义。

 

Q9：肿瘤经过一段时间的治疗后，是否需要重新进行基因检测呢？

A：肿瘤组织内的基因，持续不断的发生着变异，而且突变过程是完全随机的。有效的治疗手段，会影响突变发生的频率，减少有害突变发生的几率。 因此，治疗一段时间以后，在发生耐药、疾病进展的情况下，可以再进行基因检测，以发现是否有新的基因突变，进而采取新的治疗手段。